Az egyike legrégebbi mameluk mecseteknek Kairóban. 1266-ban Baybars al-Bunduqdari szultán (1260–1277) körülbelül 12 600 négyzetméternyi területen rendelte el építését a mecset építését a mai Al-Zahir téren.
Al-Zahir Baybars al-Bunduqdari szultán befolyásos vezető volt, és erős alapot teremtett a mameluk uralom számára Egyiptomban. Sikeres államférfi és harcos volt, egyesítette Szíriát és a hidzsazokat Egyiptommal, fontos területeket hódított meg a keresztes lovagoktól, és kiterjesztette a mameluk uralmat a núbiai területekre. Az 1260 és 1277 között uralkodó Baybars számos reformot, infrastrukturális projektet és jámbor alapítványt vezetett be, melyek megteremtették a mameluk állam alapjait. A medressze mellett Baybars két mecsetet építtetett a nevében, a Husayniyya-i mecsetet és egy másik nagyobb mecsetet a vidéki, Dél-Kairóban 1273-ban, amelyből sajnos semmi sem maradt meg. 1267-ben, négy évvel azután, hogy a régi Fatimida város közepén felépült a Baybars’s Medressze, megkezdte a Husayniyya mecset építését, a városi élettől távol eső területen Kairó északi szélén. A mecset, melynek befejezése másfél évig tartott, és egymillió dirhamba került, és a mameluk korszak első mecsete volt, és száz év után az első pénteki mecset, melyet Kairóban építettek. Mindkét mecsetek és a körülöttük lévő föld nagylelkűsége fontos szempont volt a középkori Egyiptom gazdaságtanában. Az állami karitatív szolgáltatások és épületek létrehozása fontos mechanizmus volt, amelyen keresztül az uralkodók és a gazdag elit ellátta a polgárokat, elősegítve az uralkodó rezsim iránti lojalitást. Ezen túlmenően az új dinasztiák megalapították uralmukat, új városközpontokat hoztak létre nagy épületekkel, a vezetők pedig demonstrálták politikai és vallási hatalmukat. Ennek a mecsetnek a története, helyszíne és építészete tehát mind-mind fontosak Baybars sikeres katonai vezetőként és jámbor uralkodóként való hírnevében.
Négy árkád (riwaq) vesz körül egy központi udvart, ezek közül a legnagyobb az az árkádos udvarrész, mely a kiblát veszi körül. A mihrab előtti teret egy hatalmas kupola fedte. Sajnos ez a csodálatos fakupola már régen összeomlott. A mecsetnek három bejárata van.
A mecsetnek igen mozgalmas, hosszú története van. Napóleon egyiptomi hadjárata során a mecsetet katonai erőddé alakították át (1798-1801). A mecset falain ágyúkat állítottak fel, minaretjét pedig védelmi toronyként használták egészen annak pusztulásáig. 1812-ben a mecset egyes oszlopait áthelyezték az al-Azhar mecsetbe. Ezt követően a brit hadsereg ezt a felszentelt vallási épületet először katonai raktárnak, majd a későbbiekben a tisztelet teljes hiányával vágóhídnak (!!!) használta 1915-ig. (Számomra egyszerűen megdöbbentő az európaiak tiszteletlen, felsőbbrendű viselkedése… Hiszen akár a franciákról, és különösen a britekről legyen szó, döbbenetes, hogy mennyire nem érdeklő őket az általuk elfoglalt/ kizsákmányolt ország kultúrája, szokásai, csak az, hogyan lehet a legtöbb hasznot hajtani.)
1918-tól kezdődően az Arab Régiségeket Megőrző Bizottság megpróbálta megmenteni az épületet és megkezdte a mecset egyes részeinek felújítását, és némi restaurálást is végzett a kibla melletti árkádsorban. De az I. Világháború közbejöttével a rekonstrukciós műveletek abbamaradtak. A romos épületet és a hozzátartozó kertet később Fuad király alatt nyilvános kertté alakították át.
Ma a mecsetből hiányzik a legtöbb meghatározó elem, beleértve a kupolát, a minareteke, a tetőt és a legtöbb díszítést; de a több mint 10 000 négyzetméteres és 12 méteres magasságban megmarad a nagyszerű benyomása. A mecsetnek három kiálló bejárata van. A mecset udvarának falait nagy hegyes ívek alkotják, miközben támasztották a kupolát is, amely az első ilyen jellegű volt Egyiptomban.
Bár a mamelukoknál nem volt jellemző, hogy az épületeket meghatározott vallási vagy történelmi eseményekkel társították, az eredeti kupola „egy keresztes erődből származó zsákmányt” tartalmazott, hogy megünnepelje az iszlám győzelmét, és segítse az új mameluk uralom vallási legitimitását. A minaretek világos téglából készültek, ahogy az a korai mameluk korszakban hagyományos volt, és valószínűleg hasonlóak voltak Zawiyat al-Humud minaretjeihez. A kőfaragások al-Hakim mecsetére, al-Aqmar mecsetére és más ismert medresze- és mauzóleumokra emlékeztetnek. Általánosságban elmondható, hogy a dóm mellett ez a mecset nagyon is a “cairene-i hagyományokhoz” tartozik, sok erős utalással al-Hakim mecsetére. Ezen elismert struktúrák használatával Baybars a vallási ideológia és a magas erkölcsi tekintély iránti elkötelezettséget tanúsított, megmutatva hatalmát és jámborságát. A meghódított épületek elemeinek beépítésével Baybars is megünnepelte diadalát, és valóban nagyszerűsége ma is látható a Kairó külvárosában található mecset maradványaiban.
Az évek óta elhagyatott és részben romos mecsetben 2007-ben kezdték el nagymértékű helyreállítást. A mecsetnek hosszú ideje nem volt már teteje, és így az épület belseje hosszú időn keresztül volt az időjárás viszontagságainak kitéve. Először megtisztították a növényzettől. Később a Régiségek Legfelsőbb Tanácsa Kazahsztán segítségét kérte a mecset helyreállításában. 2008-ban elkészült első szakasz melyben megszilárdították a mecset alapjait, és megállították a felszín alatti víz beszivárgását az építménybe. 2011-es arab tavasz felkelés alatt a felújítás abbamaradt, és csak 2018-ban folytatódott. 2018-ban folytatódott csak az építkezés. A második szakasz a mecset padlójának burkolását, valamint a tető, a kupola és a minaret rekonstrukcióját foglalta magában. Az utolsó fázisban helyreállítják a díszítését, és helyreállítják a minibárt (szószéket), amelynek megmaradt darabjait raktárban tartották. A helyreállítási munkálatok költségvetése 100 millió egyiptomi font, amelyet az egyiptomi kormány és Kazahsztán kormánya fizetett (a mai Kazahsztánban született Baybars tiszteletére).
